1、 诊断NGU，应首先注意排除淋病，如不能排除可给予头孢三嗪250mg一次肌注或使用对两者都是有效果的药物。
2、 NGU的治疗 一般沙眼衣原体比支原体较易清除，支原体中解脲支原体较易消除，在近期人们才逐渐认识到人型和生殖支原体是NGU病原体，有关人型和生殖支原体感染治疗的临床报道不多，它们对药物的敏感性有待进一步观察。男性治疗效果一般好于女性，可能与男性有尿液冲洗有关。 

3、 NGU的治疗总体效果不如淋病，因为NGU致病病原体种类多，可单独或混合感染，有人对非淋菌性尿道炎患者的前列腺液进行病原体（包括沙眼衣原体、解尿支原体、人型支原体、念珠菌、阴道毛滴虫、单纯疱疹病毒Ⅱ）检查，发现混合感染率为57.14%。目前缺乏对所有病原体清除均理想的药物，各种病原体对抗生素的敏感性有差异，所以应全面检测各种病原体，选用相应可能较有效的药物，一疗程结束后给予复查，如无效可改用其它方案，近期有人开始做衣原体、支原体的药物敏感试验，根据药敏试验选用不同的抗生素，制定治疗方案，可能是以后的发展方向。 

4、 治疗后症状复发或持续存在，病原体检查阳性，要排除再感染，性伴未得到治疗是最常见的原因。有报道沙眼衣原体阳性的性伴30.6%阳性，解脲支原体阳性患者的无症状性伴34.29%阳性。 

5、 治疗后症状仍存在，要考虑： 
（１） 合并前列腺炎：有报道有泌尿道症状的1100例NGU患者前列腺炎的检出率为74%，慢性前列腺炎可能是顽固NGU治疗最困难的原因，病程越长，合并前列腺炎的机会就越大，可做前列腺按摩液检查。如前列腺液多形核白细胞数量平均每高倍视野（400倍）超过10-15个，即可诊断为前列腺炎，前列腺液的卵磷脂小体明显减少或消失或有成堆倾向，也是前列腺炎的敏感指标，最好能做病原体检查，包括各种NGU病原体和其它一些少见或条件致病菌。反复大剂量使用抗菌素的患者，要注意排除合并念珠菌感染。由于解剖学和病理学两面方面的原因，前列腺炎治疗较困难，选用易弥散进入前列腺炎的药物，根据病情、病程，适当延长治疗时间，给予前列康、泌尿灵（黄酮哌酯，GENURIN）等改善前列腺炎症状的药物，定期按摩前列腺、会阴部热水坐浴、理疗对慢性前列腺炎有辅助治疗作用。 
（２） 正常菌群失调：主要是反复大量或长期使用广谱抗生素的患者，也有原发感染者。当性病病原体检查阴性，尿道、宫颈分泌物、前列腺液多形核白细胞检查阳性，并在尿道或阴道中可培养出占优势的条件致病菌应考虑正常菌群失调。国内报道在性病患者的泌尿生殖道中培养出：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、大肠艾希菌、类白喉棒状杆菌、乙型溶血链球菌、大肠杆菌、肺炎球菌、甲型链球菌和其它一些病原体（包括一些正常寄生菌）。