1）疾病的范围不同 :珍珠状阴茎丘疹病是一种良性皮肤发育不全的状态,本病不是由性接触传染的:而尖锐湿疣，是通过性接触而感染的，是性病中的一种。

2）表现不同 男性珍珠状阴茎丘疹病的特点，是在沿冠状沟处分布的小米粒大小的丘疹。本病可无任何不适感，不需治疗，无传染性。而尖锐湿疣是在男女的外生殖器处散在的，呈菜花状皮肤疣状物，分布无规律性，可有搔痒感，有异味，有自身传染性，未经治疗本病可继续发展，其数目越来越多，疣体逐渐增大。

3）治疗目的不同 男性珍珠状阴茎丘疹病可无任何不适感，不需治疗；而尖锐湿疣是性传播疾病，传染性强，必须治疗，否则后果更加严重。